基于国家扶持、经济效益等因素的影响，温室栽培面积越来越大，一方面种苗买卖加速了线虫的远距离传输，一方面重茬种植给线虫创造了更加舒适的生存和繁衍的环境。当线虫为害成为菜农急需解决的问题时，大多数农民把希望基本上寄托在杀线虫的特效药上，却忽视了其它措施上的持续应用。大剂量、高频率的滥用，实际药效往往并不理想。
　　线虫，是一类结构简单的小型动物，不太发达的神经系统，使根结线虫对很多药剂“不感冒”，同时，当把药剂施入到生态和生化状态非常复杂的土壤内时，会有相当一部分药剂在发挥作用之前就被分解掉，即便是有一定效果也会因为土壤性状的影响使其持效期较短。大剂量频繁使用化学制剂，还会抑制土壤中生存的线虫天敌生物，破坏土壤生态平衡，最终导致线虫的为害随着药剂的大量使用反而越治越严重。
　　目前，用于防治线虫的化学药剂种类不少，但基本上分为两大类，一类是具有内吸性或触杀性的选择性杀线虫剂，比如克百威、滴灭威、甲基异柳磷、噻唑膦、灭线磷、毒死蜱、阿维菌素等，前三个属于高毒农药，目前已经被禁用或限用，阿维菌素、灭线磷和毒死蜱等效果一般，对线虫具有触杀性麻痹作用，如果使用剂量不足或不能准确作用于线虫的虫体，尤其是大龄线虫，当麻痹作用终结之后线虫会重新复活活动，从而导致药效不好。噻唑膦，对线虫以内吸和触杀两种作用方式，药效较好，毒性低，但对施药区土壤湿度有一定要求，同时使用剂量上要求较严格，高湿度高剂量很容易对作物产生药害。
　　防治线虫的另一大类化学制剂是熏蒸性杀线虫剂。包括棉隆、三氯硝基甲烷（氯化苦）、二甲基二硫醚、硫酰氟、威百亩、氰氨基化钙（石灰氮）等等。这几种杀线虫剂几乎都对植物根结线虫有不错的防治效果，石灰氮还是一种不错的氮肥和钙肥。但是，这些非常广谱的熏蒸性杀线虫剂也几乎对土壤中大多数生物，包括杂草种子、地下害虫、各种微生物等都有除治作用，所以，使用过这类药剂以后要及时补充有机质和生物菌，以利于土壤生态的恢复。另外，施用这类药剂需要特定的工具、时期和土壤条件等，应该严格按操作规程实施。
　　无论是哪一类杀线虫剂，药剂施用时期非常重要。播种或定植前用药处理的效果最好，待番茄定植5——7天后再用药为期已晚，此期正是线虫侵入根系的高峰期。非熏蒸性杀线虫剂一般制成颗粒剂，在耕翻地之前或定植时使用，蔬菜生长期间再适当灌施速效性杀线虫剂，防效较好；熏蒸性杀线虫剂的使用时间应该根据自身性质，提前使用更合适。
　　除了化学防治措施，加强植物检疫，是阻止根结线虫从疫区传播到无病区的最好措施。但基于国内植物检疫机构几乎不作为的现状，这看起来并不现实。作为农民和经销商，最好在此环节予以注意，尽力严防这一关。
　　平衡施肥和使用经过充分腐熟的农家肥，给蔬菜营造一个更适合生长的土壤环境，也会同时不利于线虫的生存和繁衍。这一措施说起来容易做起来难，会涉及到很多简便易行的问题，但也的确很重要。一时的简便可能会带来多年的麻烦。
　　选择抗性较好的品种，算是防治根结线虫措施中最简便的措施，但选择一个产量高品质好同时又抗线虫和其它病害的品种不容易。需要综合考虑。
　　嫁接抗病已经广泛应用于黄瓜、番茄上。嫁接时，选择合适的砧木至关重要，目前番茄抗线虫嫁接中比较好的砧木有源于日本的托鲁巴姆、超托鲁巴姆，是一种野生茄子品种，和番茄的亲和力高，可同时抵御线虫、黄萎病、枯萎病和青枯病。从美国引进的托托斯加也同时可以高抗上述四种病害，结果期可延长一个月左右，有更好的产量。
　　1995年，美国人用淡紫拟青霉菌作用于南方根结线虫，取得不错的效果，紧接着，有的科学技术人员还对苏云金杆菌、粉红粘帚霉、哈茨木霉及绿色木霉等多种微生物做了对根结线虫的防治研究。然而，生物防治的主要问题是其防治效果更容易受到土壤条件、成本、剂量水平以及与其他微生物互作的影响。所以，现在的商品型生物杀线虫制剂很少。
　　除了上述防治根结线虫的措施以外，和辣椒、韭菜等对根结线虫不感冒的蔬菜轮作也是一个较好的措施。
　　总之，线虫，本来是土壤中纷纷咋咋数不胜数的生物物种之一，自然状态下基本不会构成对作物的为害。之所以上升为严重制约蔬菜生长的有害因素，和人类自身一味追求短期经济效益有直接关系。因此，综合防控根结线虫最好的策略还是通过平衡施肥、合理轮作等措施还土壤一个“清白”的基础上，选择抗性较好的品种或嫁接防病，再辅以药剂的合理应用，压低土壤中根结线虫的数量基数。